呼吸道感染病原谱复杂，分子诊断与高通量测序等技术发展迅速，临床合理选择检测方法、规范解读结果仍面临挑战。本共识由呼吸系统疾病国家临床医学研究中心、中华医学会检验医学分会牵头，联合呼吸与危重症医学、感染病学、检验医学、儿科学等多学科专家，基于系统文献检索和我国医疗机构实际情况，采用改良的推荐分级的评估、制定与评价分级系统与改良德尔菲法形成推荐意见。共识以常规微生物学检测为基础、核酸扩增检测为主干、免疫学检测为补充、靶向高通量测序与宏基因组高通量测序作为疑难、危重及免疫功能低下人群的高阶手段，构建阶梯式病原学检测路径：针对门急诊流感样病例、社区获得性肺炎住院患者、重症社区获得性肺炎、医院获得性肺炎/呼吸机相关性肺炎及免疫功能低下患者合并感染等场景，提出分层应用建议；并就不同层级医疗机构的检测能力建设、信息化与临床决策支持、质量控制及生物安全管理、重要耐药病原体主动筛查与感染防控衔接等方面，形成17条推荐意见，为临床与实验室规范开展呼吸道感染病原学检测、科学解读结果并指导目标性抗感染治疗提供参考。