探讨肺泡灌洗液宏基因组的二代测序技术（mNGS）在感染或疑似感染症状的自身免疫性疾病患者病原体检测中的应用价值，评估自身免疫性疾病患者耶氏肺孢子菌肺炎（PJP）感染的预测效能

回顾性分析2019年1月1日至2023年8月31日嘉兴市第一医院风湿免疫科住院期间出现感染或疑似感染症状的自身免疫性疾病患者185例的资料，分成了 PJP 组和非PJP组。统计患者的临床表现、实验室检查结果、治疗方法和NGS结果，比较PJP组和非PJP组的真菌、病毒、细菌的发布情况及特征发布情况及特征，比较长期使用糖皮质激素、cDMARDs、bDMARDs、JAK等治疗后发生PJP的发病率及病种特征，Spearman的相关分析全身炎症反应指数（SIRI）与炎症指标CRP、ESR、PCT之间的相关性，ROC曲线分析各项指标对PJP的预测效能。

PJP患者的平均年龄为58岁，其中52%（11/21）的患者为女性。PJP组和非PJP组的平均每日泼尼松剂量存在显着差异（P<0.001）。PJP组NGS的病毒检出率61.90%（13/21），非PJP组NGS的病毒检出率40.85%（67/164），PJP组NGS的细菌检出率52.38%（11/21），非PJP组NGS的细菌检出率44.51%（73/164），非PJP组NGS的真菌检出率18.90%（31/164）。使用糖皮质激素的患者与PJP阳性的风险相对于不使用的患者增加了61%，与PJP阳性正相关（P<0.05）。mNGS、使用糖皮质激素、cDMARDs、LDH和CTX组合平均AUC:0.824(95%CI:0.702-0.931)，mNGS、使用糖皮质激素、cDMARDs、CD4+T和CTX组合平均AUC:0.821(95%CI:0.658-0.957)，在预测卡肺方面具有更高的性能。

女性、高LDH和PCT值、NGS检测真菌和使用糖皮质激素等因素与PJP显著关联，可以用作预测PJP的潜在指标，SIRI可用于评估炎症的程度或严重性。糖皮质激素的使用提示患者有更高的PJP阳性风险，风险远高于其他治疗。mNGS技术可以作为PJP和识别合并感染诊断的重要手段，mNGS、使用糖皮质激素、cDMARDs、LDH和CTX组合特征用于PJP的感染预测效能更高。