一、核心原理：

1. 染色体核型分析：通过显微镜人工观察整条染色体数目+大片段结构异常。

2. FISH：利用荧光标记特异性基因探针，与染色体特定区域DNA互补杂交，荧光显微镜观察信号数目/位置，靶向定点检测。

3. CMA：芯片固定海量基因组探针，与样本DNA杂交，通过信号强度对比，检测全基因组拷贝数变异（CNV）；SNP-array还可检测杂合性缺失，单亲二倍体。

4. WES：捕获人类全部外显子区域，比对参考基因组，识别点突变、小片段插入缺失、微小CNV。

二、检测分辨率

1、核型：5~10 Mb 只能检出巨大片段异常

2、 FISH：50~100 kb 靶向区域分辨率高，非全基因组

3、CMA：10~50 kb 全基因组无死角，远高于核型

4、WES：单碱基水平，可检出单个点突变、1~数个bp的Indel

三、检测变异类型

1、核型：可检：染色体数目异常、大片段结构异常；不可检：微缺失/微重复、点突变、小Indel、隐匿性易位

2、FISH：可检：靶向区域微缺失/微重复、基因扩增、染色体数目异常、特定易位断点、嵌合体；不可检：全基因组未知变异、非探针覆盖区异常、点突变

3、CMA：可检：全基因组CNV微缺失/微重复、大片段缺失重复、染色体数目异常、LOH/UPD、嵌合体（低比例也可）；不可检：平衡易位、倒位（无拷贝数变化）、单碱基点突变、小片段Indel

4、WES：可检：外显子区点突变、小片段插入缺失Indel、外显子水平微小CNV、部分LOH；不可检：内含子/基因间区突变、大片段结构重排、平衡易位、整条染色体数目异常（弱）、低比例嵌合体

四、基因组覆盖范围

1、核型：全基因组，但仅宏观形态，无精细序列信息

2、FISH：靶向局部，仅探针设计的特定基因/区域

3、CMA：全基因组无偏好，覆盖编码+非编码区

4、WES：仅覆盖全部外显子（约基因组1%），内含子、调控区、非编码区不覆盖

五、嵌合体检出能力

1、核型：可检出≥10%~20% 比例嵌合体，依赖人工阅片

2、FISH：可检出5%~10% 低比例嵌合体，灵敏度高

3、CMA：可检出5%及以下低比例嵌合体，量化比例更准

4、WES：嵌合体检出弱，仅高比例嵌合体可能发现

六、临床适用场景

1、核型：孕前优生、唐筛高风险产前初筛、反复流产、明显染色体大数异常、大结构畸变筛查、遗传性染色体病初诊

2、FISH：产前快速加急检测（13/18/21/X/Y三体）、已知特定微缺失综合征（如22q11缺失）、核型可疑后的靶向验证

3、CMA：不明原因发育迟缓、智力低下、自闭症、多发畸形、核型正常但临床高度可疑遗传异常、流产胚胎组织遗传学检测、CNV遗传病一线检测

4、WES：不明原因罕见病、多系统疑难杂症、家系遗传分析（显性/隐性遗传）、CMA/核型/FISH均阴性仍高度怀疑遗传病、单基因病筛查

七、主要局限性

1. 核型：分辨率极低、耗时长、人工误差大、无法检出微缺失微重复、漏诊隐匿性结构异常。

2. FISH：只能查已知靶向区域，无法筛查全基因组未知变异；需提前怀疑目标疾病。

3. CMA：无法检出平衡易位、倒位；不能检测点突变；部分小片段CNV分辨率受限。

4. WES：只测外显子，漏诊非编码区致病突变；分析解读难度大、变异意义不明确（VUS）多；无法检出平衡结构重排；成本高、周期长。